据台媒报道 台北市卫生局日前不当配发疫苗引发轩然大波，局长黄世杰公开请辞但市长柯文哲未准，不料6月30日下午台北市议会召开大会时才知，黄世杰于6月28日至7月27日请假1个月，台北市府秘书长陈志铭称因在调查期间，“上位的不在那位子对员工比较好”，仍有代理人可正常运作；议员苗博雅痛批，防疫三级警戒、局长却擅离职守，台北市府说法难令市民接受。

台北市卫生局于6月初接连爆出违规配发疫苗给好心肝、小禾馨诊所等特权疫苗争议，6月10日黄世杰于北市防疫记者会上称，自己有督导不周之责，当场请辞，柯文哲未置可否，事后才称待调查清楚再来处理，另也强调，“现在疫情还相当危险”，一切等到疫情稳定后再说。

6月30日台北市议会召开临时大会，议员才接获通知，黄世杰于6月28日至7月27日请假1个月，质疑当前防疫重要关头，局长未坐镇恐影响防疫；秘书长陈志铭称，因配合调查中，暂时不方便再担任职务，并说“上位的不在那位子对员工比较好”，局长应要避嫌，仍有职务代理人维持卫生局正常运作。

苗博雅怒批市府说词逻辑不通，此案牵连甚广，包括疾管科长、员工都被调查，为何仅局长因受到调查而请假，且当前防疫三级警戒情况下，重要的卫生局长竟请长假，如此难令市民接受，之前市长才说防疫期间不宜阵前换将不准辞，如今又给请1个月长假，北市防疫业务的主责长官缺席，竟今日才让议会知道。

苗博雅要求黄世杰应该销假上班，没有正当理由就不来，以后议会没有尊严，想逃避议会就请假，请议长要求黄世杰至少在大会期间，为了维系府会和谐，黄世杰应该来备询。议长陈锦祥则指示，请台北市府针对黄世杰请假一案提交书面说明。